1949年新中国成立后，政府对宗教活动采取了两线并进的政策。所谓两线是指：一方面，宗教被认为是阻碍新中国进步的腐朽因素，应予取缔；但另一方面又认为，宗教是社会发展过程中的一个现象，需要时间逐步淘汰，而在此过程中，要结合其力量为国家建设作贡献，无需即时禁止。

这一两线政策导致当时教会内部出现了矛盾。一些人认为，教会不应当参与政治，不能依附任何政治党派，而应维持自身的独立，自行推展教会事工；但另一部分人则认为，教会应当顺应环境，配合国家的需要来进行教会活动。就这样，中国大陆出现了两种教会，一种是政府认可的公开教会，另一种是不被政府认可的私下聚会点。

为确保中国的基督教符合国家宗教政策，新政府成立了 “中国基督教三自爱国运动委员会”（简称“三自会”），通过这个组织统筹全国基督教事务。在三自的名义下，任何来自外国的宗教活动形式均被视为与自治、自养、自传不相符，中国基督教的事工从此不再容许任何来自外国的参与。并且，只有被称为三自教会的官方认可教会，才可以公开聚会，不在三自会领导之下的基督教事工，均被界定为非法活动。1956年，三自会宣布，中国教会已经与外国教会断绝了所有联系，并且在三自会的带领下已经实现了教会的完全合一。不过，在随后一波又一波的政治运动中，三自教会的活动范围也受到波及，事工持续萎缩，聚会人数剧减。