早期教会在面对一波又一波暴力的同时，还要应付出现在教会内部的一波又一波极其猖獗的异端。

首先是“诺斯底主义”。诺斯底的意思是智慧，诺斯底主义基本的错误是善恶二元的世界观。他们相信，在人类生活里有两个同等的力量，各自代表着善的力量和恶的力量，而这两股力量是势均力敌的、平等的。这显然不符合圣经教导。在圣经当中我们看到，基督徒所相信的上帝是公义圣洁的至高神，恶势力无论怎样嚣张，都不过是在上帝的容许、在上帝的权柄底下运作的一股力量。因此善恶二元论的错谬并不在于它指出了有善恶这两股力量，而在于它认为这两股力量是各自独立、相互平等的。此外，诺斯底主义这个异端还认为，一个人如果要真正得救，必须通过智慧的途径逐步提升，先从一个“属地的人”逐渐进步成为一个“属魂的人”，然后再进步成为一个“属灵的人”，最后得救。这种论调显然也违背了圣经教导。新约圣经告诉我们，任何人只要信靠耶稣基督就可以得救。早期教会的领袖很快就确认，诺斯底主义是一个虚假错误的信仰，但因为它使用了一些基督教的名词，跟新约圣经的教导在字面上非常接近，同时又给人的自我提供了一条出路，迎合了一般人推崇人类智慧的心态，所以，诺斯底主义始终是早期教会的头号敌人，很容易让一些信仰根基还不稳，对基督信仰理解还比较浅的人受到迷惑。